Nació en San Miguel el Grande, Guanajuato, su hermano fue el licenciado Ignacio Aldama.
Siguió la carrera de las armas, y al estallar la guerra de Independencia, era capitán del regimiento de caballería de las milicias de la reina, en su pueblo natal, donde también vivía el capitán Ignacio Allende.
Este lo invitó, en 1809, a participar en la conspiración de Valladolid dirigida por García Obeso y Michelena. Asistió a las juntas secretas, pero la conjura fue descubierta en el mes de diciembre.
Con su hermano Ignacio participó en las juntas secretas en la casa del corregidor Domínguez, en Querétaro. El 10 de septiembre de 1810 la conspiración de Querétaro fue descubierta, y el 13 de septiembre hubo otra denuncia, en la que se implicaba los hermanos Emeterio y Epigmenio González, así como al corregidor Domínguez. Este se dio cuenta de las denuncias y de que las autoridades se preparaban a actuar, ya que se ordenó catear las casas de los hermanos González, en busca de armas.
El cateo se efectuó el 14, encontrando algunas armas y deteniendo a Epigmenio. La esposa del corregidor, Doña Josefa Ortíz de Domínguez, se dio prisa en avisar a Allende de lo que ocurría, enviando un correo a San Miguel. Como el enviado de la corregidora no encontrara a Allende, le informó lo sucedido al capitán Juan Aldama quien se puso inmediatamente en camino hacia Dolores para alertar a Hidalgo, a quien encontró a las dos de la mañana, discutiendo el movimiento precisamente con Allende, pues ya estaban enterados de los acontecimientos.
Los tres caudillos llegaron a la conclusión de que antes de que fueran aprehendidos, había que apresurar el movimiento, haciendo que estallara inmediatamente.
En la madrugada de ese día, 16 de septiembre de 1810, Hidalgo mandó llamar al pueblo y así empezó la revolución. Después de la toma de la Alhóndiga de Granaditas, el gobierno virreinal puso precio de $10,000.00 a las cabezas de Hidalgo, Allende y el capitán Aldama, que eran los jefes visibles del movimiento, que empezaba arrollador y lleno de victorias.
Juan Aldama fue ascendido al grado de teniente general, grado con el que participó en las desastrosas batallas de Aculco y Puente de Calderón, en 1811. Después de la derrota sufrida por los insurrectos en estas batallas, contra las huestes realistas de Calleja, se inició la retirada hacia el norte, en Acatita de Baján fueron aprehendidos, por la traición de Elizondo.
Hidalgo, Allende, Aldama, Jiménez y otros jefes fueron remitidos a la ciudad de Chihuahua, donde el tribunal militar debería juzgarlos por rebeldía.
Juan de Aldama fue sentenciado a morir, siendo fusilado el 26 de junio de 1811. Su cabeza fue enviada a la Alhóndiga de Granaditas, para que fuera exhibida, colgada junto con las de los otros jefes insurgentes.
